三軍總醫院自2020年4月初由感染與熱帶醫學科及中醫部合作建立「新冠肺炎患者中西醫共治模式」，採用國家中醫藥研究所草擬「新冠肺炎病毒中醫臨床分期治療指引」，在急重症患者的治療上能扭轉病勢，在重症、輕症的患者治療上則可縮短病毒轉陰與住院時間。

但清冠一號尚未納入中央流行疫情指揮中心的「新型冠狀病毒感染臨床處置暫行指引」，無法作為官方認可的標準療程。缺乏隨機對照的臨床實驗數據，就是最大原因。中醫必須在西醫師的同意下介入，而國家出錢的治療過程中，中醫藥介入也是病人自費負擔。